Odlišná čísla jsou způsobena několika faktory. Google Analytics měří návštěvnost pomocí kódu, který je vložen do každé měřené stránky. Tento kód se ovšem nemusí pokaždé načíst a v případě, že se nenačte, pak ani nemůže být započítána příslušná návštěva. Dále kód nemusí být umístěn na každé stránce, například do administračních stránek se kód nevkládá. Jednou z dalších odlišností je, že vložený kód je nejčastěji JavaScript, který může mít část lidí vypnutý a opět se jejich návštěva nezapočítá.

Naproti tomu vnitřní statistiky jsou generovány přímo z logu serveru, takže je v nich zaznamenán opravdu každý pohyb, včetně třeba návštěvy indexovacích robotů. Poslední odlišnost může být dána tím, jak jednotlivé statistiky počítají unikátního návštěvníka, respektive v jakém časovém horizontu. Některé statistiky počítají unikátního návštěvníka např. během 2 hodin, jiné během jednoho dne a jiné během jednoho měsíce.